Համաձայն հայ պատմիչների վկայությունների՝ Ամարասի վանքի եկեղեցին հիմնադրել է Գրիգոր Լուսավորիչը 4-րդ դարի սկզբին։ 5-րդ դարի սկզբին Մեսրոպ Մաշտոցն Ամարասի վանքում բացում է Արցախի առաջին դպրոցը։

19-րդ դարի 2-րդ քառորդին Ամարասի վանքային համալիրը, որն ուներ 17-րդ դարում կառուցված բավականին ուժեղ պաշտպանական համակարգ, օգտագործվել է որպես ամրոց, իսկ 1832–1847 թվականներին ծառայել է որպես ռուս-պարսկական սահմանի մաքսատուն։ 1848 թվականին վանքը հանձնվել է Գանձասարի մետրոպոլիտ Բաղդասարին։ Խարխլված եկեղեցին վերականգվել է 1858 թվականին՝ շուշեցի հայերի օժանդակությամբ:

Արցախյան գոյամարտի ժամանակ 5 արկ է կպել համալիրին, որոնցից 2-ը վնասել են պատուհանները, իսկ մյուս 3-ը՝ խաչը: Վնասվել են նաև համալիրի պարիսպները:

Շինարարական աշխատանքները մեկնարկել են 2009 թ.՝ պարսպապատերի և աշտարակների վերականգնմամբ և ամրակայմամբ: Երկարատև դադարից հետո վերջերս՝ պետություն-մասնավոր համագործակցության շրջանակում, վերսկսվել են համալիրի մաս կազմող Ձիանոց կոչվող կառույցի և դրան հարակից հատվածների բարեկարգման աշխատանքները: Այս ծրագրի շրջանակում նախատեսվում է վանական համալիրի վերականգնման աշխատանքներն ավարտին հասցնել ողջ ծավալով: