Գանձասար վանական համալիրը թվագրվում է 13-րդ դարով: Անունը ստացել իր տեղադիրքից՝ բլրից, որի ընդերքում կան արծաթի և այլ մետաղների հանքեր: Գանձասարը առաջնորդարան էր և Խաչենի իշխանների տոհմական տապանատունը։ Հասան-Ջալալյան տոհմի իշխանների հոգածության շնորհիվ Գանձասարը պահպանել է հոգևոր կենտրոնի իր դերը։ Վանքն ունեցել է հարուստ ձեռագրատուն, դպրանոց, որտեղ ստեղծվել են բարձրարժեք ձեռագրեր, կրթվել են հոգևոր գործիչներ, որոնք իրենց նպաստն են բերել Խաչենի և հարակից շրջանների մտավոր և մշակութային կյանքի զարգացմանը։
Պահպանվել են տաճարը և գավիթը։ Հովհաննես Մկրտչի տաճարը 1216-38թթ.-ին կառուցել է Ներքին Խաչենի իշխան Հասան Ջալալ-Դոլան, իսկ գավիթը 1261թ.-ին հիմնադրել են Հասանը ու նրա կին Մամքանը, և ավարտել է նրանց որդի Աթաբակը 1266թ.-ին։ Աչքի է ընկնում ճարտարապետական հարուստ հարդարանքով։ Արտաքին հարդարանքում ճարտարապետի ուշադրության կենտրոնում են եղել 16 նիստանի թմբուկը։ Թմբուկի նիստերը մեկընդմեջ ջլատված են անկյունաձև խորշերով, որտեղ տեղադրված են երկու կտիտորների, Ադամի և Եվայի, Քրիստոսի, Աստվածամոր բարձրաքանդակները։ Գավիթի արևմտյան ճակատի կոմպոզիցիոն կենտրոնը ինքնատիպ, բարձր վարպետությամբ կատարված, հարուստ քանդակազարդված արևմտյան շքամուտքն է։
1923 թվականից՝ Արցախ աշխարհն Ադրբեջանին բռնակցվելուց հետո, Գանձասարը չի գործել: Արցախյան ազատամարտի ժամանակ վանքը եղել է հակառակորդի հիմնական թիրախներից մեկը. վանքի պատերի, պարիսպների վրա մինչ այսօր կարելի է տեսնել 90-ականներից մնացած ռմբակոծության հետքեր, անգամ չպայթած արկը, որն արձակվել է վանքի ուղղությամբ, սակայն այդպես էլ նպատակին չի հասել:
Այն հնարավոր է եղել նորոգել միայն 1993-1997 թվականներին, այնուհետև 2000-ական թվականների այն վերականգնվեց գործարար Լևոն Հայրապետյանի միջոցներով: